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在软件的工程开发的初级阶段，企业的管理者就应向其内部工作人员告知商业秘密的存在，做好保守秘密的思想教育工作，及早树立起保密的意识。
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在计算机软件纠纷案件审理中，权利人已经强烈地感受到，由于立法的目的原因，在有些情况下，使用《著作权法》和《计算机软件保护条例》对计算机软件保护，受其调整范围的限制，对权利人的保护显得有些不够充分，业界的人们纷纷开始寻求和选择更好的法律保护方式。近几年，在一些诉讼案件中，权利人比较多地使用了商业秘密的保护方式，以求最大限度地保护自己的计算机软件产品。这无疑是权利人法律保护意识增强的体现。但是，在调查中我们发现，如何利用商业秘密实现其保护，在审判实践中仍然反映出很多问题。
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1.
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(1计算机软件中“不为公众所知悉”的标准的划分及界定；
(2计算机软件能为权利人带来经济利益。
(3实用性。实用性是指该信息具有确定的可应用性；
(4权利人应当采取保密措施。
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（1）计算机软件的商业秘密是如何体现出来的即其商业秘密的表现形式;
(2对软件商业秘密采取的保密措施；
(3掌握该软件商业秘密的人员范围；
(4所涉及的人员对该软件商业秘密掌握的程度；
(5软件开发人员的分工情况；
（6）被侵犯的软件商业秘密是什么;(7侵权人以怎样的方法和手段实施了侵权行为。
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软件配置管理一是对软件实体进行管理，二是对软件的研制过程进行管理。大型国有企事业单位在软件研制的过程中，基本上都采用了各种软件版本工具来确保软件的质量。即便如此，也不一定能够确保软件技术状态的正确性。这是由于对软件研制过程中变更管理做得不到位造成的。因此，需要采用技术手段对软件变更过程进行有效管理，以保证软件质量。
